9 stycznia 1943 papież Pius XII mianował Teofiliusa Matulionisa biskupem ordynariuszem diecezji koszedarskiej.
Po raz kolejny został aresztowany 18 grudnia 1946 za odmowę współpracy z władzami sowieckimi i wywieziony do więzienia we Włodzimierzu, a następnie w Mordowii.
Ogółem z niemal 90 lat życia 25 spędził w sowieckich więzieniach, powrócił z nich na Litwę w 1956 w bardzo złym stanie zdrowia. Reżim komunistyczny nie pozwolił mu na powrót do Koszedar i objęcie rządów diecezją. Bp Matulionis zamieszkał w Birsztanach. W Boże Narodzenie 25 grudnia 1957 w swoim pokoju potajemnie konsekrował na biskupa księdza Vincentasa Sladkevičiusa, za co w nocy 17 października 1958 został wywieziony do Szadowa koło Radziwiliszek i tam przymusowo osiedlony. Był otoczony ścisłą kontrolą policyjną.
9 lutego 1962 św. Jan XXIII mianował go arcybiskupem ad personam. Na początku sierpnia Teofilius Matulionis otrzymał zaproszenie do udziału w Soborze watykańskim II. 17 sierpnia w jego mieszkaniu dokonano przeszukania. Zmarł 20 sierpnia 1962 roku w Szadowie. Pochowano go 23 sierpnia w krypcie biskupiej w katedrze Przemienienia Pańskiego w Koszedarach.