Zwolennicy apolityczności struktur cerkiewnych związani z egzarchatem zyskali miano „eulogian”. Po II wojnie światowej siedziba egzarchatu najpierw znajdowała się w Paryżu, a następnie w Londynie.
W 1945 metropolita Eulogiusz zdecydował się na powrót pod jurysdykcję patriarchy Moskwy i został przyjęty. Decyzji tej nie przyjęła jednak do wiadomości większość kleru i wiernych egzarchatu, który postanowili pozostać w dotychczasowej jurysdykcji. Ten rozłam w środowiskach rosyjskiej emigracji, pogłębiający jeszcze dotychczasowe spory, przetrwał do końca istnienia egzarchatu. W 1990 sobór biskupów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, podjął decyzję o reorganizacji zagranicznych eparchii i egzarchatów Kościoła, likwidując egzarchat zachodnioeuropejskiПравославная энциклопедия.
W 2018 r. egzarchat zachodnioeuropejski został erygowany ponownie. Siedzibą egzarchy ponownie został Paryż, a na urząd został powołany biskup Jan (Roszczin).