Wprowadzone po lotach doświadczalnych zmiany konstrukcyjne, m.in. powiększenie steru kierunku i zmiana kąta natarcia płata, poprawiły nieco stabilność kierunkową, ale nie wyeliminowały pozostałych wad samolotu. W związku z tym, po krótkotrwałym użytkowaniu czterech egzemplarzy seryjnych przez 240 dywizjon RAF, 24 października 1939 roku zapadła decyzja o anulowaniu programu rozwoju Saro Lerwick i przestawieniu linii produkcyjnych zakładów Saunders-Roe na produkcję łodzi latających Short Sunderland. Jednak w związku z wybuchem wojny i koniecznością zapewnienia jak najszybszych dostaw samolotów na potrzeby Coastal Command, od 1 listopada 1939 roku kontynuowano produkcję.
Działalność operacyjna W 1940 roku 209 dywizjon RAF, stacjonujący w Oban w Szkocji, wymienił przestarzałe łodzie latające Short Singapore na Saro Lerwick. Jeszcze w tym samym roku cztery samoloty zostały utracone w wypadkach, zaś jeden zaginął w trakcie patrolu w lutym 1941 roku. Jednocześnie 209 dywizjon odnotował jedynie dwa, oba nieudane, ataki na wykryte U-Booty. Ostatni, ze zbudowanych ogółem 21 egzemplarzy Saro Lerwick, został dostarczony w maju 1941 roku, ale w tym samym czasie do dywizjonu zaczęły przybywać łodzie latające Consolidated PBY Catalina.