W lipcu 1937 wrócił do Rzeszy i objął parafię w Dahlem (Berlin) po aresztowaniu Martina Niemöllera. Ze względu na swoje antypaństwowe nastawienie nie mógł oficjalnie przejąć obowiązków pastora. Poza tym prowadził tajne nauczanie religii, a od 1938 pomagał Żydom. Ponieważ odmówił służby w wojsku z bronią w ręku, został wysłany na front wschodni jako sanitariusz. W 1945 dostał się do niewoli i trafił do sowieckiego obozu pracy. Po uwolnieniu napisał wspomnienia obozowe ...und führen, wohin du nicht willst. Bericht einer Gefangenschaft (wydane w 1951). Jego książka stała się bardzo znanym, przetłumaczonym na wiele języków, świadectwem II wojny światowej.
W 1950 został profesorem teologii w Bonn, jako następca Karla Bartha. Zaangażował się w ruch przeciw militaryzacji Niemiec i broni atomowej. Przygotował broszurę Die Christen und die Atomwaffen. Uważał, iż chrześcijanie mogą jedynie zgadzać się na wojnę sprawiedliwą (w rozumieniu doktryn filozoficznych). Konsekwentnie odrzucał możliwość stosowania broni masowej zagłady.