W 1911 r. Zawodowa Straż Pożarna otrzymała nową siedzibę przy ul. Pomorskiej i wyprowadziła się ze świątyni. Zrodziła się wówczas niebezpieczna koncepcja przekształcenia budowli na więzienie. Członkowie Towarzystwa Historycznego Obwodu Nadnoteckiego podjęli natomiast starania o udostępnienie całej świątyni na cele muzealne. W czasie I wojny światowej w przyziemiu prezbiterium urządzono pogotowie ratunkowe, a w nawie utworzono magazyn ławek i materiałów pocztowych.
Dwudziestolecie międzywojenne Po odzyskaniu niepodległości przez Polskę w 1920 r., kościół przeznaczono z powrotem na cele sakralne. W latach 1920–1922 przeprowadzono kompleksowe prace, początkowo według projektów architekta Kazimierza Ulatowskiego, a później pod kierunkiem inż. arch. Stefana Cybichowskiego z Poznania. Usunięto wtedy naleciałości pruskie, wyburzono przybudówki, zrekonstruowano szkarpę w północno-zachodnim narożniku korpusu nawowego oraz przekształcono pochodzącą z końca XIX w. klatkę schodową, w niewielką kruchtę. Przeprowadzono także restaurację renesansowej attyki zakrystii kapłańskiej (niezbyt udaną, zniekształcającą pierwotny charakter stylistyczny). We wnętrzu usunięto ściany działowe i piętro prezbiterium, przywrócono łuk tęczowy i wykroje okien, zamurowano wtórne otwory drzwiowe, wzmocniono ściany, założono nowe tynki i zabezpieczono strop.