Większość ksiąg pochodziła z zakupu oraz ofiar i darowizn zakonników, którzy przywozili je z wojaży zagranicznych (Dionizy Szyjka, Jan z Kościana, Melchior Dębiński, Wawrzyniec ze Słupcy i inni). Darowizny przekazywali też księża diecezjalni, szlachta i mieszczanie. W 1574 stałą sumę z dochodów tartaku na Okolu (100 florenów) przekazał na utrzymanie biblioteki starosta bydgoski Jan Kościelecki. Szczególne dary otrzymała biblioteka bernardynów w 1631, kiedy umierający kapelan kościoła i szpitala św. Krzyża Jan Synodoniusz z Pakości, podarował bernardynom spory księgozbiór, a zmarły syn fundatora klasztoru Klarysek Andrzeja Rozdrażewskiego pozostawił m.in. bibliotekę prawniczą złożoną z inkunabułów weneckich i francuskich. Inni znani z nazwiska fundatorzy to m.in.: starosta kcyński Piotr Czarnkowski (1620), solecki starosta niegrodowy Antoni Grasiński, burmistrz Bydgoszczy Wojciech Łochowski, czy mieszczka Elżbieta Szychowa.