21 niezidentyfikowanych pozycji zabrało Gimnazjum Królewskie w Bydgoszczy, a część inkunabułów przekazano do Biblioteki Seminarium Duchownego w Poznaniu.
Zbiorem zainteresowano się po opublikowaniu przez ks. Kamila Kantaka "Kroniki Bernardynów Bydgoskich". W 1907 na prośbę dyrektora Biblioteki Miejskiej dr. Georga Minde-Poueta proboszcz fary oddał zbiory w depozyt Bibliotece, gdzie je zinwentaryzowano. Na krótko przed odejściem Niemców w 1920 roku, władze kościelne w obawie przez wywózką zbiorów, odebrały je i umieściły w kościele św. Trójcy. Ostatecznie zbiory znalazły poczesne miejsce i zostały odpowiednio wyeksponowane w polskiej Bibliotece Miejskiej. W 1936 roku Bibliotekę wyeksponowano w stylizowanym pomieszczeniu urządzonym staraniem ówczesnego dyrektora Biblioteki Miejskiej dr. Witolda Bełzy i ofiarności społeczeństwa miasta. Podczas II wojny światowej część zbiorów została zniszczona i wywieziona przez Niemców.