Po wojnie mieszkał w Pasłęku pod Elblągiem. 19 czerwca 1966 otrzymał święcenia kapłańskie w Warmińskim Wyższym Seminarium Duchownym w Olsztynie. W 1968 rozpoczął studia filozoficzne na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W 1971 został tam zatrudniony, początkowo przez krótki okres w redakcji Encyklopedii katolickiej, a następnie w Instytucie Filozofii Teoretycznej, gdzie pełnił funkcję starszego wykładowcy. Specjalizował się w antropologii filozoficznej, metafizyce, dialogu chrześcijańsko-żydowskim i filozofii francuskiej. W 2008 przeszedł na emeryturę.
23 lutego 1978 roku w Lublinie podczas rozmowy z matką dowiedział się o swoich żydowskich korzeniach. W 1992 roku poznał nazwisko i imiona rodziców biologicznych. Także w 1992 roku do swojego dotychczasowego imienia i nazwiska dodał nazwisko rodowe – Weksler oraz imię ojca – Jakub.
1 września 1995 roku Piotr i Emilia Waszkinelowie zostali pośmiertnie odznaczeni medalem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata.
Jest członkiem Polskiego Towarzystwa Filozoficznego i Polskiego Towarzystwa Studiów Żydowskich. Jest członkiem założycielem B’nai B’rith Polska, reaktywowanego w 2007. W 2009 postanowił wyjechać do Izraela i napisać tam książkę. Przez rok żył w kibucu religijnym Sede Elijjahu przy granicy z Jordanią.