W styczniu 2007 przeniósł się do Twente Enschede. Pierwszy ligowy występ w jego barwach zanotował 11 lutego 2007 w wygranym przez jego zespół 3:0 pojedynku z Feyenoordem Rotterdam. W nowym klubie Braafheid szybko stał się podstawowym graczem. W sezonie 2006/2007 zajął z klubem piąte miejsce w lidze i awansował z nim do Pucharu UEFA. Twente zakończyło go na pierwszej rundzie, po porażce w dwumeczu z Getafe CF. W tym samym sezonie Braafheid uplasował się z Twente na czwartej pozycji w Eredivisie i ponownie wywalczył z nim awans do Pucharu UEFA, w którym Twente dotarło do 1/16 finału, ale uległo tam po rzutach karnych Olympique Marsylia. W sezonie 2008/2009 Braafheid wywalczył z klubem wicemistrzostwo Holandii. W Twente grał przez półtora roku. Łącznie zagrał tam w 76 ligowych meczach i strzelił jednego gola.
11 czerwca 2009 roku podpisał 4-letni kontrakt z niemieckim Bayernem Monachium. Transfer opiewał na sumę dwóch milionów euro. Do stycznia 2010 roku w zespole Bayernu rozegrał 10 ligowych meczów. 1 lutego 2010 roku został wypożyczony do Celticu. 27 stycznia 2011 roku został sprzedany do TSG 1899 Hoffenheim. W sezonie 2012/2013 był wypożyczony do FC Twente. Latem 2014 przeszedł do S.S. Lazio.