W 1996 z inicjatywy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych Tadżykistanu klub Dinamo Duszanbe został reaktywowany. W debiutowym sezonie Wyższej Ligi Tadżykistanu zdobył mistrzostwo kraju. Wtedy średni wiek piłkarzy wynosił 19 latTajikistan 1996.. W sezonie 1997/98 debiutował w rozgrywkach pucharów azjatyckich.
W 2007 roku klub połączył się z nowo utworzonym Orijono Duszanbe, zachowując swoją oryginalną nazwę. Zespół zagrał swój ostatni sezon w najwyższej klasie w 2008 roku, a następnie kontynuował swoje występy w niższych ligach Mistrzostw.
Sukcesy Trofea międzynarodowe
Trofea krajowe Tadżykistan
ZSRR
Mistrzostwo Tadżyckiej SRR: mistrz (7x): 1937, 1949, 1950, 1951, 1953, 1955, 1958 Puchar Tadżyckiej SRR: zdobywca (12x): 1938, 1939, 1940, 1941, 1946, 1949, 1950, 1952, 1953, 1955, 1959, 1971 Puchar WNP: 4.miejsce w grupie: 1997
Stadion Klub rozgrywa swoje mecze domowe na Centralnym stadionie republikańskim (były stadion im.