Następne sezony nie były już tak dobre i klub nie potrafił zając w lidze miejsca wyższego niż trzecie. W sezonie 1989/1990 klub walczył o pozostanie w Eredivisie, ostatecznie obronił się przed spadkiem. Feyenoord borykał się też z problemami finansowymi po bankructwie głównego sponsora – HCS.
Po tym jak Wim Jansen zastąpił na stanowisku trenerskim duet Gunder Bengtsson/Pim Verbeek po porażce z PSV Eindhoven 0:6, sytuacja klubu zaczęła się poprawiać. PSV było najsilniejszym holenderskim klubem tego okresu zostało wyeliminowane przez Feyenoord z Pucharu Holandii. Drużyna z Rotterdamu dotarła do finału, gdzie pokonała BVV Den Bosch 1:0 i zdobyła kolejne trofeum. Jako zdobywcy Pucharu zagrali z PSV w meczu o Superpuchar Holandii w 1991 r. (rozegrany po raz pierwszy od 1949 r.). PSV uległo Rotteramowi 0:1. Klub ponownie zdobył Puchar Holandii w 1992 r. pokonując w finale Rodę Kerkrade 3:0. W tym samym roku Feyenoord dotarł do półfinałów Pucharu Zdobywców Pucharów odpadając w półfinale z AS Monaco, przegrywając ilością bramek wyjazdowych, po dwóch meczach zakończonych remisami.