Wznowione w 1948 (nie zachowano jednak numeracji sprzed wojny) pod nazwą Polonia Sacra: kwartalnik teologiczny, wychodziło pod kierunkiem profesorów Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1954 r. wskutek likwidacji przez władze komunistyczne wydziałów teologicznych uniwersytetu krakowskiego i warszawskiego, Polonia Sacra przestało być organem profesorów Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zaczęło się ukazywać na nowo utworzonej Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie pod kierunkiem profesorów Wydziału Prawa Kanonicznego. Zmieniono też tytuł Polonia Sacra: kwartalnik kanonistyczno-historyczny, ale zachowano ciągłość numeracji. W 1958 r. wydawanie pisma zostało zawieszone a w jego miejsce zaczęło wychodzić: Prawo Kanoniczne: kwartalnik. Reaktywacja czasopisma Polonia Sacra (półrocznik) nastąpiła w 1997 roku na Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (obecnie Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie). Od 1 stycznia 2014 r. Polonia Sacra stała się kwartalnikiem.
Redaktorzy naczelni Jan Fijałek 1918–1939 Władysław Wicher (1948–1954) Marian Myrcha (1954–1958) Andrzej Zwoliński (1997–2009) Wojciech Zyzak (1.X. 2009 – 31.IX.2012) Henryk Sławiński (1.X.2012 – obecnie)