Od początku lat 90. przewodniczył zespołowi, odpowiedzialnemu za opracowywanie wyników wyborów parlamentarnych i lokalnych. Wiosną 2001 uczestniczył w misji Międzynarodowego Funduszu Walutowego w Timorze Wschodnim, zorganizowanej w celu powołania w tym państwie urzędu statystycznego. W latach 2002–2003 był pracownikiem naukowym wydziału informatyki i statystyki Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Pradze.
W kwietniu 2003 Jan Fischer został mianowany przez prezydenta Václava Klausa prezesem Czeskiego Urzędu Statystycznego. Uzyskiwał członkostwo w różnych organizacjach, w tym w Międzynarodowym Instytucie Statystycznym.
Premier Czech 24 marca 2009, w połowie sprawowania przez Czechy przewodnictwa w Unii Europejskiej, doszło do kryzysu politycznego. Opozycja (zdominowana przez ČSSD) zdołała uchwalić wotum nieufności wobec gabinetu Mirka Topolánka. Wniosek uzyskał wymaganą większość 101 głosów, dzięki 4 głosom poparcia ze strony posłów wchodzących dotąd w skład większości.