Jego prezesura w Najwyższym Sądzie Wojskowym przypadła na okres wzmożonych represji wobec wyższych oficerów WP, m.in. w tym czasie prowadzono proces gen. Tatara, płk. Utnika i płk. Nowickiego, tzw. proces generałów, aresztowano także gen. Spychalskiego.
Po śmierci Bolesława Bieruta (12 marca 1956) powołano Komisję dla zbadania odpowiedzialności byłych pracowników Głównego Zarządu Informacji, Naczelnej Prokuratury Wojskowej i Najwyższego Sądu Wojskowego (tzw. Komisja Mazura). Raport Komisji stwierdzał, że W. Świątkowski był jednym z oficerów radzieckich, którzy byli odpowiedzialni za łamanie praworządności. Według raportu Komisji Mazura W. Świątkowski wraz z sędzią Aleksandrem Tomaszewskim byli głównymi inspiratorami wypaczeń w wojskowym wymiarze sprawiedliwości, realizatorami wypaczonej praktyki karnej i bezpośrednimi współsprawcami drakońskich wyroków w sfingowanych sprawach.