Prawdziwa kariera Balagueró miała się rozpocząć u schyłku tysiąclecia, gdy w roku 1999 powstał horror Bezimienni, oparty na powieści pod tym samym tytułem Ramseya Campbella z 1981 r. Film został zaprezentowany na licznych Festiwalach Filmowych i przyniósł twórcy pokaźną sumę nagród, między innymi laur dla najlepszego filmu podczas Fantasia Festival. Idąc za ciosem, w trzy lata później Balagueró wydał swój kolejny horror – hiszpańsko-amerykańską koprodukcję Ciemność, z Anną Paquin w roli głównej. Dystrybucją filmu zajęła się hollywoodzka wytwórnia Miramax. W roku 2005 wyreżyserował Delikatną, mroczną historię o duchach, w której wystąpiła znana z serialu Ally McBeal aktorka Calista Flockhart. Wyreżyserował i napisał scenariusz także do filmu zatytułowanego Apartament (2006), powstałego w telewizyjnym cyklu Películas para no dormir (6 filmów, które nie dadzą ci zasnąć, w Polsce zaprezentowanym przez stację Canal+).
Prawdziwą sławę przyniósł mu horror REC, nad którym zaczął pracować na początku roku 2007, a który na ekranach hiszpańskich kin zadebiutował już 23 listopada (premiera w Polsce: 14 sierpnia 2008 r.). REC przyniósł filmowcowi już trzecią nagrodę na Festiwalu Filmowym w Sitges oraz wiele innych nagród.