Ważne wydarzenia odegrały się na tym terenie również w czasie powstania warszawskiego, gdy przy nieistniejącej dziś drodze, łączącej Boernerowo z Wawrzyszewem, trzy kompanie praktycznie nieuzbrojonych powstańców, maszerujących do Puszczy Kampinoskiej po broń ze zrzutów, zostały ostrzelane przez wojska niemieckie z terenu lasu oraz z Wawrzyszewa. Wzięci wówczas do niewoli powstańcy zostali zamordowani. Nieco później przez teren radiostacji przedzierała się do Puszczy Kampinoskiej grupa żołnierzy harcerskiego batalionu „Zośka”, odcięta przez Niemców na Woli.
Z początkiem 1945 r. wycofujący się Niemcy wysadzili w powietrze Centralę. Dziś zachowały się z niej betonowe pozostałości, stanowiące drugi – obok Fortu Radiowo – zespół zabytkowy na terenie Lasu Bemowskiego. Część z nich znajduje się w miejscach łatwo dostępnych (np. większość betonowych podstaw masztów, budki strażnicze z napisem „Czuwaj” – tzw. czuwaje, czuwajki), a przeważnie również dobrze widocznych. Niektóre jednak zagubione są w lesie i bardzo trudne do odnalezienia (np.