Kościół i parafia przeszły wówczas pod zarząd duchowieństwa diecezjalnego, kończąc trwający ponad sto lat okres bezpośredniego zarządu świątynią przez misjonarzy.
W XIX wieku prowadzono przy kościele prace remontowe, nie zmieniając zasadniczo ukształtowanej w XVIII wieku bryły. W 1860 roku przed fasadą wzniesiono nową bramę, a w 1863 roku umieszczono na niej figurę św. Michała Archanioła. W okresie zaborów dawny klasztor został przeznaczony m.in. na szpital wojskowy.
W latach 1915–1920 zniszczenia wojenne dotknęły przede wszystkim zabudowania dawnego klasztoru, którego północno-wschodni pawilon został po pożarze rozebrany. W czasie II wojny światowej rozebrano południową z dwóch XVIII-wiecznych dzwonnic. Sam kościół zachował zasadniczą XVII- i XVIII-wieczną strukturę architektoniczną.
4 grudnia 1793 r. w kościele we mszy świętej uczestniczył król Stanisław August Poniatowski.
Wnętrze i wyposażenie
Wnętrze kościoła ma układ bazyliki z trzema nawami i trzema przęsłami. Nawa główna jest szersza i wyższa od naw bocznych, z którymi łączy się za pośrednictwem arkad. Prezbiterium ma szerokość i wysokość odpowiadającą nawie głównej i zamknięte jest półkolistą apsydą.