Kościół w 1659 spłonął, odbudowano go dopiero w roku 1775. W 1808 strawił go kolejny pożar. Po odbudowie był użytkowany jako magazyn soli. W latach 1826–1831 został przebudowany staraniem proboszcza bielskiego ks. Mateusza Opolskiego, dodano wtedy nawę boczną i wieżę. W 1883, po kolejnej przebudowie, stał się kościołem szkolnym. W 1896 otaczający kościół cmentarz został zamknięty i zamieniony na plac kościelny oraz ogród.
W 1928 bielska firma R. Juttner & F. Bolek rozpoczęła sześcioletnią przebudowę kościoła. W tym czasie wydłużono nawę główną w kierunku zachodnim z dodaniem portalu i bocznej galerii. W 1934 przesunięto także wieżę ze środka na koniec kościoła i dobudowano nawę boczną.
Jednocześnie od 1928 zaczął pełnić funkcję kościoła garnizonowegoStefan Król: Życie religijne. W: Śląsk Cieszyński w latach 1918-1945. Red. Krzysztof Nowak. Cieszyn: Starostwo Powiatowe w Cieszynie, 2015, s. 257..
W 1933 odbyły się w kościele uroczystości związane z 250 rocznicą „wiktorii wiedeńskiej”. Z tej okazji wmurowano w nim tablicę upamiętniającą Jana III Sobieskiego, a ulicę, przy której stoi nazwano jego imieniem.