Czystość wód i ochrona środowiska Jezioro Lubinieckie jest bardzo zanieczyszczonym zbiornikiem, głównie z powodu zmagazynowanych w okolicach jego dopływu osadów ze ścieków pochodzących z czasów przed zbudowaniem oczyszczalni ścieków dla Świebodzina. Badania prowadzone od lat 50. XX wieku wykazywały stałe pogarszanie się czystości jeziora. Powodem takiego stanu rzeczy był fakt, że jezioro – podobnie jak pobliskie jezioro Zamecko – pełniło funkcję osadnika ścieków dla pobliskiego Świebodzina. W latach 70. stwierdzono całkowite wymarcie ichtiofauny. Dalszą degradację jeziora powstrzymało wybudowanie i stopniowe unowocześnianie zlokalizowanej w jego pobliżu oczyszczalni ścieków. Obecnie następuje powolna poprawa jakości wód jeziora, w związku z czym zaczyna być ono wykorzystywane przez okolicznych wędkarzy i gospodarstwo rybackie.
Badania z 2015 roku zaliczyły wody jeziora do V klasy jakości, natomiast badania z 2018 roku wykazały poprawę i sklasyfikowały jakość wód do IV klasy. Przeźroczystość wód jeziora w 2018 roku wynosiła 0,7 metra. W 2021 roku ponownie przeprowadzono badania jeziora, zaliczając jego wody do V klasy jakości, przeźroczystość wód wynosiła 0,5 metra.