W zbiorach muzea znajdują się freski Fra Angelico oraz obrazy tablicowe Fra Bartolomea.
Muzeum wystawia również prace innych artystów m.in. Domenico Ghirlandaio, Alessio Baldovinetti i Giovanni Antonio Sogliani
Sala biblioteczna W murach klasztoru znajduje się biblioteka, powstała w 1444 roku. W epoce renesansu za panowania Wawrzyńca Wspaniałego organizowano w niej spotkania florenckich humanistów na których bywał m.in. Giovanni Pico della Mirandola. Przez salę biblioteczną przechodzi ciąg smukłych kolumn z jońskimi głowicami na których spoczywają arkady oddzielające beczkowato sklepiony korytarz środkowy od obydwu krzyżowo sklepionych korytarzy bocznych. Biblioteka była pierwszą w Europie publiczną biblioteką i służyła mnichom jako scriptorium. W zbiorach bibliotecznych prócz wielu oryginalnych XV-wiecznych rękopisów przechowywane są również manuskrypty kaznodziei Girolamo Savonaroli.
Dormitorio di San Marco Dormitorio di San Marco jest kompleksem cel w których mieszkali mnisi. Ich cele i korytarze zostały ozdobione przez freski Fra Angelico i jego uczniów. Do najbardziej znanych są freski Zwiastowania i Noli me tangere.