Po porażce Argentyny w wojnie o Falklandy-Malwiny rząd junty stracił poparcie społeczne i pozwolił na zorganizowanie, w 1983 roku, demokratycznych wyborów (pierwszych od 1976 roku), w których Alfonsin, jako kandydat UCR, pokonał konkurującego z nim peronistę z Partii Justycjalistycznej Ítalo Lúdera. Jego prezydentura przypadła na okres wysokiej inflacji, poważnego długu publicznego, sporów pracowniczych, a także problemów związanych z niezadowoleniem w kręgach wojskowych. Aby ustabilizować gospodarkę negocjował pożyczki z Międzynarodowego Funduszu Walutowego, a także wprowadził w życie program ekonomiczny o nazwie Austral plan, który odniósł jednak umiarkowany sukces. Ścigał członków junty oskarżonych o łamanie praw człowieka, doprowadził do procesów sądowych, w których m.in. byli prezydenci Jorge Rafael Videla i Roberto Eduardo Viola zostali skazani na wyroki dożywotniego więzienia. Pod koniec prezydentury (1987–1988), pod wpływem nacisku armii, która odbudowywała swoją pozycję, Augustin ułaskawił część skazanych oficerów, a także zaproponował inwestycje odnawiające wojsko. W okresie swojej prezydentury lansował m.in. projekt przeniesienia stolicy kraju do Viedma w Patagonii, który jednak upadł m.in.