Z powodu niepowodzenia zakończył swoją misję w czerwcu 1854, ale pozostał w Turcji aż do stycznia 1855.
Od 1862 kierował Polską Szkołą Wojskową w Cuneo. Współtwórca i czasowo komendant polskiej Szkoły Wojennej w Genui. W czasie powstania styczniowego przewidziany na naczelnika powstania na Naddnieprzańskiej Ukrainie. 17 lutego został mianowany naczelnym dowódcą sił zbrojnych na lewym brzegu Wisły. Dowodził powstańczymi siłami Małopolski Wschodniej. Stoczył kilka walk na Wołyniu. Po rozbiciu jego oddziału w 1863 pod Radziwiłłowem, przedostał się do Galicji, aresztowany i internowany do 1865. Po klęsce pod Radziwiłłowem jego żona Izabella i córka Wanda opiekowały się rannymi powstańcami w jego dworze w Łopatynie.
Zagorzały demokrata, przeciwnik dyktatury M. Langiewicza. Wyemigrował do Francji, był członkiem Komitetu Zjednoczenia Emigracji. Na emigracji działał w organizacjach politycznych i społecznych. Zmarł w Paryżu. Pochowany na cmentarzu Père-Lachaise w Paryżu.
Jego córka Wanda była zamężna z Aleksandrem Misiągiewiczem (powstaniec styczniowy, przemysłowiec).
thumb|Mogiła zbiorowa, w której pochowano gen. Józefa Wysockiego|alt=
Prace Kurs sztuki wojskowej, cz.