Po dojściu Hitlera do władzy w 1933 roku wstąpił do NSDAP. Również jego poglądy teologiczne uległy ostrej ideologizacji, przez co popadł w konflikt z otoczeniem akademickim i kościelnym. Jednak jego osobista przyjaźń z jurystą Carlem Schmittem, angażującym się wówczas w działalność nazistowską, pozwoliła mu jednak zachować stanowisko.
Ostatnie tygodnie życia spędził w Berlinie. Zmarł wieczorem 30 września 1936 w szpitalu św. Jadwigi (Hedwigskrankenhaus) w Berlinie, niespełna miesiąc po pięćdziesiątych urodzinach. Pochowany został, według swego życzenia, w mieście urodzenia – w grobie rodzinnym na cmentarzu w Euskirchen, w dniu 6 października 1936Thomas Marschler: Karl Eschweiler (1886–1936). Theologische Erkenntnislehre und nationalsozialistische Ideologie, Regensburg 2011.