Po powrocie do kraju rozpoczął praktykę medyczną, a także ok. 1500 został wykładowcą i profesorem Akademii Krakowskiej, gdzie ufundował m.in. drugą katedrę medycyny. Na Akademii Krakowskiej 8-krotnie sprawował funkcję rektora (1501–1519), dwukrotnie wybierany był podkanclerzem Akademii, przynajmniej raz był dziekanem wydziału medycyny. W Krakowie był lekarzem nadwornym Zygmunta I Starego. Był jednym z najsławniejszych astrologów krakowskich.Swoje środki materialne wykorzystywał na cele dobroczynne m.in. na rozwijanie szkolnictwa i oświaty: w 1506 roku odbudował zniszczoną pożarem szkołę parafialną przy kościele św. Floriana w Krakowie na Kleparzu, założył szkoły początkowe przy kościołach św. Anny, św. Szczepana, Wszystkich Świętych. Wspierał szpitale, przytułki, kościoły i klasztory (Bożogrobców w Miechowie i Paulinów na Skałce), m.in. u Paulinów założył bibliotekę
Maciej Miechowita został pochowany w katedrze wawelskiej.