Rickover – względów technicznych i bezpieczeństwa, postanowiono zrezygnować z tego rodzaju reaktorów w napędzie okrętów. W tym czasie gotowy był już drugi rdzeń reaktora dla "Seawolfa", również Biuro Okrętów US Navy (Bureau of Ships – BuShips) oraz komandor Laning rekomendowali jedynie uzupełnienie paliwa jądrowego okrętu – z uwagi na potrzeby szkoleniowe w zakresie działań ZOP okrętów z napędem atomowym. Wymiana paliwa bowiem jest jedynie trzymiesięcznym procesem, podczas gdy wymiana całego reaktora zajmuje dwa lata. Hyman Rickover podjął decyzję o odzyskaniu uranu z pozostającego do dyspozycji rdzenia. Pod koniec 1958 roku, "Seawolf" powrócił do stoczni Electric Boat, gdzie wymontowano jego reaktor zastępując go kopią chłodzonego wodą reaktora S2W zastosowanego na USS "Nautilus". Oryginalny wyjęty z "Seawofla" reaktor SIR/S2G – bez wyciągniętego rdzenia paliwowego, lecz wciąż radioaktywny – został zabrany na barkę i zatopiony w oceanie około 220 mil morskich od brzegu (na wysokości granicy między stanami Delaware i Maryland), na głębokości około 9500 stóp (2 896 metrów). Stanowi to jedyny do dziś amerykański przypadek celowego zatopienia reaktora w morzu.