Niektóre płyty główne zawierają dodatkowy moduł pamięci flash, która stanowi zabezpieczenie dla podstawowego BIOS-u, gdy ten zostanie np. uszkodzony/zniszczony przez wirus komputerowy lub w niewłaściwy sposób zaktualizowany. W takim przypadku zawartość zapasowego układu przepisywana jest do pierwszego, podstawowego modułu pamięci flash. Mechanizm ten firma Gigabyte Technology nazywa Dual BIOS.
Każdy producent płyt głównych dba o ich zabezpieczenie, za pomocą hasła. Blokady tego typu umożliwiają zabezpieczenie komputera przed uruchomieniem przez niepowołane osoby, bądź uniemożliwienie im dokonywania zmian w konfiguracji np. bootowania z nośników DVD / CD / USB itp. Najbardziej popularnym hasłem jest hasło power ON, czyli hasło, które od razu po uruchomieniu komputera, musi zostać wpisane przez użytkownika. Innym rodzajem blokady jest, blokada dostępu do bios, czyli tzw. hasło bios - ma ona na celu uniemożliwienie wprowadzenia zmian w ustawieniach bios. Aby dokonać zmian, należy wprowadzić hasło dostępowe do bios.