System dwugrupowy utrzymał się do sezonu 1998/1999 (jedynie przed edycją 1998/1999 – pod kątem planowanej reformy – zmniejszono liczbę klubów w każdej z nich do 14). W 1999 połączono obydwie grupy w jedną (aż 24-drużynową), tak więc w sezonie 1999/2000 każda z ekip rozegrała aż 46 ligowych bojów, co jest absolutnym rekordem w długiej historii polskiego futbolu i pewnie przez całe dekady takim pozostanie. Motywem przewodnim reformy PZPN była 20-zespołowa II liga polska i w sezonie 2000/2001 udało się do niego dojść. Po dwóch latach – przed sezonem 2002/2003 – zmniejszono liczbę klubów do 18. Mistrz oraz wicemistrz uzyskiwali bezpośredni awans do I ligi, natomiast drużyna z 3. miejsca rozgrywała dwumeczowy baraż z 14. zespołem I ligi. Cztery ostatnie kluby (z miejsc 15., 16., 17. i 18.) spadały bezpośrednio do starej III ligi polskiej, zaś cztery kolejne (z miejsc 11., 12., 13. i 14.) rozgrywały dwumeczowe baraże z wicemistrzami poszczególnych grup starej III ligi (o układzie poszczególnych par decydowało losowanie). W sezonie 2008/2009 nastąpiła reorganizacja rozgrywek, wskutek której nazwa I ligi przypadła drugiemu poziomowi rozgrywkowemu. Od tego czasu najwyższą klasą rozgrywkową w Polsce jest Ekstraklasa.