Jednym z nich jest modyfikacja białka L3, drugim zaś nieswoista pompa usuwająca antybiotyk z komórki bakteryjnej.

Spektrum działania przeciwbakteryjnego Retapamulina jest aktywna głównie wobec bakterii: Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae. Bakteriami, które wykazują naturalną oporność na retapamulinę, są organizmy z rodzaju Enterobacteriaceae, Pseudomonas aeruginosa oraz Enterococcus feacalis.Retapamulina wykazuje dużą skuteczność w przypadku szczepów opornych na kwas fusydowy i mupirocynę.

Farmakokinetyka Retapamulina wchłania się bardzo słabo, zarówno ze skóry nieuszkodzonej, jak i uszkodzonej. Ze względu na małą ekspozycję, dystrybucja retapamuliny nie była badana. W badaniach in vitro wykazano, że lek jest inhibitorem glikoproteiny P (Pgp). Nie ma to jednak żadnego znaczenia klinicznego w przypadku podawania miejscowego. Retapamulina wiąże się z białkami osocza w 94%. Wydaje się, że lek metabolizowany jest w wątrobie, głównie przy udziale CYP3A4.