Choć do chwili przyjęcia Polski do UE 1 maja 2004 urząd ombudsmana nie powstał (istniał jedynie pełnomocnik, który miał go zorganizować) wysiłki Rzeczypospolitej zmierzające w kierunku przeciwdziałania dyskryminacji zostały docenione w unijnych raportach o stanie przygotowań krajów kandydackich i ostatecznie Polska została uznana za państwo spełniające kryteria kopenhaskie, zwłaszcza istnienie instytucji gwarantujących praw człowieka oraz ochronę mniejszości. 24 lutego 2004 „z uwagi na realizację programu ograniczania wydatków publicznych” Rada Ministrów odmówiła utworzenia urzędu ombudsmana (zwanego w projekcie Generalnym Inspektorem do spraw Przeciwdziałania Dyskryminacji), do zaplanowania pracy którego powołany został urząd Pełnomocnika.
Pełnomocnik był urzędnikiem w stopniu sekretarza stanu w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów. Pierwszym pełnomocnikiem została Izabela Jaruga-Nowacka z Unii Pracy. Po objęciu przez Jarugę-Nowackę urzędu wicepremiera w rządzie Marka Belki pełnomocnikiem została 16 sierpnia 2004 Magdalena Środa (bezpartyjna).