Likwidacja urzędu pełnomocnika Rząd Kazimierza Marcinkiewicza zniósł urząd Pełnomocnika 3 listopada 2005. Premier niejednoznacznie dał do zrozumienia, że jest to również kara za wypowiedzi Magdaleny Środy na temat katolicyzmu, chociaż oficjalnym powodem likwidacji były „zmiany wynikające z Programu rządu na lata 2005–2009. Sama Środa stwierdziła: „To decyzja ideologiczna, nieprzemyślany manifest konserwatywnych poglądów, który zaszkodzi wizerunkowi Polski w świecie”Radziszewska ministrem od kobiet, TVN24, data dostępu: 19 marca 2008..
W reakcji na likwidację urzędu ponad 80 polskich organizacji pozarządowych wystosowało protest. Otrzymali go między innymi premier Marcinkiewicz oraz komisarz UE ds. zatrudnienia, spraw społecznych i równych szans Vladimír Špidla.
Ponowne powołanie urzędu pełnomocnika rządu Na początku marca 2008 premier Donald Tusk zdecydował o przywróceniu stanowiska Pełnomocnika Rządu do spraw Równego Traktowania. Objęła je posłanka PO Elżbieta Radziszewska. Premier poinformował także, że trwają prace nad ustawą o równym traktowaniu.
Od początku stycznia 2016 do marca 2020 Pełnomocnik Rządu ds. równego traktowania był równocześnie Pełnomocnikiem Rządu ds.