Funkcjonowanie Lubuskiego Oddziału Straży Granicznej regulowało Zarządzenie nr 33 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 17 września 2003 w sprawie nadania regulaminu organizacyjnego Komendzie Lubuskiego Oddziału Straży Granicznej w Krośnie Odrzańskim (Dz. Urz. KGSG Nr 5, poz. 39, z 2005 r. Nr 6, poz. 37, z 2006. Nr 5, poz. 35, z 2007 Nr 1, poz. 3 Nr 2 poz. 24 i Nr 9, poz. 80 oraz z 2008 Nr 1, poz. 1) zmienione zarządzeniami: nr 46 z 2 czerwca 2008 i nr 63 z 28 sierpnia 2008.
Jedną z konsekwencji wstąpienia Polski do Unii Europejskiej było utworzenie 15 września 2004 nowego oddziału w strukturach Straży Granicznej – Oddziału Nadwiślańskiego. Straż Graniczna otrzymała uprawnienie do realizowania swoich ustawowych zadań na terenie całego kraju. Nowy oddział wpisał się w tę logikę, najważniejszym jego zadaniem stała się obsługa ruchu granicznego w portach lotniczych w województwach: kujawsko-pomorskim, łódzkim, mazowieckim, świętokrzyskim i wielkopolskim. Ta decyzja spowodowała przejście GPK SG w Poznaniu-Ławicy do Nadwiślańskiego Oddziału SG i zmniejszenie zasięgu terytorialnego Lubuskiego Oddziału SG. Taka sytuacja trwała do 1 września 2007, kiedy to Placówka Straży Granicznej w Poznaniu-Ławicy wraz z całym województwem wielkopolskim powróciły do Oddziału Lubuskiego.