W 1547 roku, kiedy miał 21 lat, został publicznie znieważony ze względu na swą rasę. Jego cierpliwe i godne zachowanie w czasie tego wydarzenia zauważył przywódca niezależnej grupy eremitów, żyjących na pobliskim Monte Pellegrino, która kierowała się Regułą dla pustelni św. Franciszka z Asyżu. Benedykt został wkrótce zaproszony do tej wspólnoty. Po niedługim czasie porzucił swoją własność i przyłączył się do niej. Posługiwał jako kucharz wspólnoty, a w wieku 28 lat zastąpił Jerome’a Casta jako lidera grupy„Black Saints: Benedict the Moor”, National Catholic Reporter, November 18, 2013.. Stał się znany z dzieł miłosierdzia.
W 1564 roku papież Pius IV rozwiązał niezależne wspólnoty pustelników, nakazując im przyłączenie się do zatwierdzonego zakonu, w tym przypadku do Zakonu Braci Mniejszych. Wówczas, już jako brat zakonny, Benedykt został przydzielony do Palermo do franciszkańskiego klasztoru św. Marii od Jezusa (Santa Maria di Gesù). Zaczynał w klasztorze jako kucharz, ale dzięki swemu zaawansowaniu w życiu duchowym został wkrótce magistrem nowicjuszy, a następnie gwardianem wspólnoty, chociaż był analfabetą i nie był kapłanem.