W 1950 roku krótko po oficjalnym ogłoszeniu apartheidu na terenach Południowej Afryki uchwalono ustawę antykomunistycznąPosługując się przykładem Mahatmy Gandhiego, zdecydował się na ścieżkę pokojowego oporu. Za przemawianie przed ludźmi został internowany, a w 1952 r. aresztowany na podstawie ustawy o zwalczaniu komunizmu.. Ustawa ta zdelegalizowała działalność CPSA i pozwoliła na zdelegalizowanie każdej partii, którą rząd uznałby za komunistyczną. Członkostwo w CPSA było wtedy zagrożone karą do dziesięciu lat więzienia. W wyniku dekretu partia została rozwiązana. Powróciła jednak w 1953 roku pod nową nazwą - Południowoafrykańska Partia Komunistyczna (SACP).
Do 1990 roku SACP działało w podziemiu w najgłębszej tajemnicy. W lutym 1990 roku nowo wybrany prezydent RPA i laureat pokojowej nagrody Nobla, Frederik de Klerk ogłosił zniesienie zakazu działalności partii komunistycznych.
Od 11 lutego 1990 roku partia jest częścią sojuszu politycznego nazywanego „Sojuszem Trójstronnym". W jego skład wchodzi jeszcze Afrykański Kongres Narodowy oraz centrala związkowa Kongres Południowoafrykańskich Związków Zawodowych.