W czasie największego natężenia walk o Maltę, w połowie 1942 roku, jednostki wyposażone w Z.1007 poniosły ciężkie straty podczas walk konwojowych (operacje „Harpoon” i „Pedestal”).
Po kapitulacji Włoch we wrześniu 1943 roku około 80 egzemplarzy Alcione znalazło się w składzie jednostek Aviazione Cobelligerante Italiana, walczących po stronie Aliantów. Używane były głównie w charakterze samolotów transportowych, dostarczając zaopatrzenie jugosłowiańskim partyzantom. Sporadycznie brały też udział w nocnych bombardowaniach pozycji wojsk niemieckich w północnych Włoszech. Po stronie RSI powstała tylko jedna eskadra: Squadriglia Autonomo Bombardamento „Ettore Muti”, sformowana w czerwcu 1944 r. na lotnisku Lonate Pozzolo i wyposażona w 17 samolotów wersji terWiesław Bączkowski Włoskie samoloty wojskowe 1936-1945..
Lotnictwo Niepodległego Państwa Chorwackiego używało w 1944 roku trzech maszyn Z.1007bis, które otrzymało od Niemców jako uzupełnienie strat w jednostkach walczących wspólnie z LuftwaffeWiesław Bączkowski Hrvatsko Bojno Zrakoplovstwo..