W zamachach śmierć poniosły 2973 osoby oraz wszyscy porywacze.

Operacja Inwazja na Afganistan

Rząd amerykański oskarżył o zamachy z 11 września Al-Ka’idę – organizację terrorystyczną kierowaną przez Osamę bin Ladena. Według USA Al-Kaida miała swoją siedzibę i bazy szkoleniowe w Afganistanie. Prezydent Bush postawił Talibom ultimatum, w którym żądał m.in. wydania Stanom Zjednoczonym Osamy bin Ladena i zamknięcia wszystkich obozów terrorystów na terytorium Afganistanu. Ultimatum zostało odrzucone, więc 7 października 2001 roku amerykańskie oraz brytyjskie siły powietrzne rozpoczęły bombardowanie wyznaczonych celów w Afganistanie. W operację zaangażowały się siły NATO, ponieważ zgodnie z art. 5 Traktatu o NATO uznano, że zamach z 11 września był atakiem na jednego z członków Paktu. W skład koalicji ISAF weszło ponad 40 państw oraz opozycyjny do talibów Sojusz Północny.

Inwazja doprowadziła do obalenia reżimu talibów, ale jednocześnie stała się początkiem długiej wojny partyzanckiej. Wielu złapanych bojowników Al-Kaidy zostało przetransportowanych do więzienia Guantanamo na Kubie, gdzie według organizacji humanitarnych byli poddawani torturom i poniżającemu traktowaniu.