Po wybuchu wojny Stanisław wraz z matką i siostrą zamieszkał u dziadków w Toruniu. Przebywali tam do maja 1942, kiedy to zostali przymusowo wysiedleni do Ostrowca Świętokrzyskiego, ponieważ nie chcieli podpisać volkslisty. Stanisław został zatrudniony jako kreślarz. Dzięki temu miał możliwość poruszania się poza miastem. Wykorzystał to w działalności konspiracyjnej, zajmując się kolportażem i łącznością. W jego domu znajdował się lokal konspiracyjny. Latem 1944 Kosicki został aresztowany wraz z matką przez gestapo. Udało mu się uciec z transportu do Oświęcimia. Trafił następnie do oddziału partyzanckiego Armii Krajowej pod dowództwem kpt. Wincentego Tomasika „Potoka”. Kosicki posługiwał się pseudonimami „Czarny” i „Bohun”. Wziął udział w bitwie z siłami niemieckimi na Piotrowym Polu w lasach Iłżeckich. Za swoje zasługi został odznaczony Krzyżem Walecznych i Srebrnym Krzyżem Zasługi.