Obok wsi powstała żwirownia Pilce-Suszka, następnie Wrocławskie Kopalnie Surowców Mineralnych – WKSM Kopalnia Pilce, (istniejąca do dzisiaj). W latach 90. XX w. wraz z eksploatacją żwiru wokół wsi powstały stawy.
W lipcu 1997 roku Pilce nawiedziła powódź tysiąclecia. Wieś została doszczętnie zalana przez Nysę Kłodzką, która wyżłobiła sobie przez nią nowe koryto, niszcząc przy tym wiele pól. W związku z tym rząd podjął decyzję o budowie zbiornika retencyjnego na tym terenie i likwidacji wsi, która znaleźć się miała na jego przyszłym obszarze. Dla mieszkańców przeznaczono osiedle domków jednorodzinnych w Kamieńcu Ząbkowickim, zbudowane za pieniądze rządu szwedzkiego. W ciągu dwóch lat wykupiono grunty i przeniesiono ludność do nowych budynków. Wieś oficjalnie przestała istnieć na początku 2000 roku. Domy i kościół rozebrano, a następnie wysadzono ich fundamenty. Zlikwidowano cmentarz, przenosząc groby głównie do Kamieńca Ząbkowickiego. Ostatnią Mszę Świętą w kościele w Pilcach odprawił proboszcz z Ożar – ks. Marek Połochajło 26 grudnia 1999 roku. Wyposażenie kościoła przeniesiono do innych świątyń dekanatu kamienieckiego.