Puchar Świata – 17. miejsce W zawodach inaugurujących sezon 2003/2004 w Pucharze Świata w skokach narciarskich, 28 listopada na skoczni Rukatunturi w Ruce zajął szesnaste miejsce. Tym samym zdobył 15 punktów do klasyfikacji PŚ. Nie udało mu się to dzień później na tej samej skoczni, gdyż zajął 36. miejsce. 6 grudnia na Granåsen w Trondheim Słoweniec był 13. 10 stycznia w Libercu w pierwszym konkursie po Turnieju Czterech Skoczni sklasyfikowany został na dziesiątym miejscu. Nazajutrz uplasował się siedem pozycji niżej. 17 stycznia na Wielkiej Krokwi w Zakopanem był piętnasty, a dzień później czternasty. W jedynych w sezonie zawodach rozegranych na skoczni mamuciej, zaliczanych do klasyfikacji Pucharu Świata, 7 lutego w Oberstdorfie zajął 17. pozycję. Tydzień później na dużej skoczni w Willingen zajął 37. lokatę. 28 lutego na skoczni K-120 w Salt Lake City reprezentant słoweńskiej kadry A zajął piąte miejsce, przegrywając tylko z Noriaki Kasai, Simonem Ammannem, Tommy Ingebrigtsenem i Roarem Ljøkelsøyem. W kończących sezon konkursach Turnieju Skandynawskiego Benkovič zajmował miejsca w czołowej piętnastce. Łącznie zdobył 343 punkty Pucharu Świata, dzięki czemu został sklasyfikowany na siedemnastej pozycji w końcowej klasyfikacji.