Obszar pod okupacją niemiecką zarządzany był z Jarosławia przez wikariusza generalnego bp. Grzegorza Łakotę, wydelegowanego na ten teren jeszcze przed spodziewaną wojną przez biskupa ordynariusza Jozafata Kocyłowskiego. Wszyscy biskupi ordynariusze znaleźli się na terenach okupowanych przez ZSRR.

10 czerwca 1940 na wikariusza generalnego Apostolskiej Administracji Łemkowszczyzny powołano ks. Ołeksandra Małynowśkiego, który wkrótce przejął większość obowiązków ciężko chorego administratora ks. Jakiwa Medwećkiego, a po jego rychłej śmierci – niemal natychmiast go zastąpił.

Ponieważ we wrześniu 1939 wyjechał z Polski nuncjusz apostolski Filippo Cortesi, biskupi wszystkich 3 obrządków katolickich kontaktowali się z Watykanem przez osoby prywatne (np. hr. Roberto Malvezzi Campeggi, Luciana Frassati-Gawrońska), oraz nieformalnie przez nuncjusza apostolskiego w Niemczech Cesare Orsenigo.

Po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w 1941 powrócono do przedwojennego podziału administracyjnego Cerkwi.

Literatura Andrzej Leon Sowa – "Stosunki polsko-ukraińskie 1939-1947.