W lipcu 2009 w wielu miejscach na świecie, m.in. w Hongkongu, New Jersey, Katalonii i Sapporo, wyizolowano warianty wirusa nowej grypy A/H1N1v oporne na leczenie środkiem oseltamiwir. Przewiduje się, że w niedługim czasie nowy wirus może osiągnąć taką oporność na całym świecie (z powodu powszechności leczenia przy użyciu Tamiflu® oraz odpowiednich reasortacji z powszechnie cyrkulującymi wirusami gryp sezonowych, które oporność już osiągnęły). Także amerykańskie władze sanitarne (PAHO) doniosły o pojawieniu się oporności u zmutowanego wirusa grypy A(H1N1) na lek przeciwwirusowy Tamiflu, w okolicach granicy amerykańsko-meksykańskiej. Przyczyny upatruje się w łatwej dostępności leku, który w Meksyku można nabyć bez recepty. Przy czym należy zaznaczyć, że wirus grypy zawsze charakteryzował się szybką zdolnością do mutacji. Badana jest również niepokojąca możliwość uzyskania przez nowego wirusa oporności na zanamiwir (Relenza®) – określana jako mało prawdopodobna, lecz zaobserwowana już w środowisku laboratoryjnym.