Sezon 3. 3 lata później. Fabuła koncentruje wokół śmiertelnego wirusa, który może zostać rozprzestrzeniony w Los Angeles, jeśli rząd nie zgodzi się na żądania terrorystów. Jack został dyrektorem operacyjnym CTU i pracuje z nowym partnerem Chase’em Edmundsem nad sprawą Ramona Salazara. Tymczasem prezydent Palmer stara się o reelekcję i przygotowuje się do starcia ze swoim konkurentem w wyborach – senatorem Keelerem, który w odcinku 19 zaczyna go szantażować i spiskować z jego żoną, Sherry Palmer.
Sezon 4. Akcja sezonu rozpoczyna się o siódmej rano. Wszystko rozpoczyna się 18 miesięcy po dramatycznych wydarzeniach z sezonu 3. Na czele CTU stoi teraz Erin Driscoll, twarda i nieustępliwa agentka rządowa, której jednym z pierwszych priorytetów było pozbycie się Jacka, zanim przejmie swoje nowe obowiązki. Tymczasem po ataku bombowym na podmiejski pociąg, Jack, który obecnie pracuje dla sekretarza obrony Jamesa Hellera i związany jest uczuciowo z jego zamężną córką Audrey Raines, zmuszony jest nagle wrócić do CTU na spotkanie z Driscoll.
Sezon 5. 18 miesięcy później. Jack zmienił nazwisko i postanowił rozpocząć nowe życie. Zaszył się na pustyni Mojave, gdzie pracuje na platformie wiertniczej. Wkrótce wydarzy się coś, co wywabi go z ukrycia...