Jan Kościelecki brał udział w wojnie trzynastoletniej. W końcu września 1456 r. udzielił królowi pomocy militarnej przy tłumieniu rewolty części mieszczaństwa toruńskiego. Na początku maja 1457 r. towarzyszył królowi w podróży do Gdańska. Coraz aktywniej uczestniczył w sprawach militarnych w Prusach. W końcu 1457 r. wzywany był przez Toruń do obrony przed spodziewanym atakiem zaciężnych krzyżackich. W październiku 1458 r. był jednym z gwarantów rozejmu polsko-krzyżackiego w Prabutach. W lecie 1459 r. dowodził polskimi wojskami prowadzącymi działania w ziemi chełmińskiej oraz pod Chojnicami. W 1460 r. z zaciężnymi królewskimi ochraniał przed atakiem krzyżackim Gdańsk, a w 1461 r. uczestniczył w oblężeniu Świecia nad Wisłą.
Jan Kościelecki brał udział w rokowaniach polsko-krzyżackich u schyłkowego okresu wojny trzynastoletniej: w maju 1463 w Brześciu Kujawskim, w marcu 1464 w Elblągu, w lipcu 1464 w Toruniu. Był posłem królewskim w sprawie przyjęcia hołdu od wielkiego mistrza zakonu w Brodnicy.