kontakt z wieloletnim przyjacielem rodziny, arcybiskupem krakowskim Adamem Sapiehą.
W końcu 1941 kilkakrotnie przebywała we Lwowie z pomocą więzionym w tamtejszych więzieniach i w celu stworzenia silnej placówki RGO we Lwowie obejmującą opieką całą Małopolskę Wschodnią.
W styczniu 1942 przyjechała ponownie do Lwowa z zadaniem zorganizowania filii Rady Głównej Opiekuńczej (tzw. Komitetu Polskiego) w województwie stanisławowskim. Wkrótce jednak (maj 1942) została w Kołomyi aresztowana przez Gestapo i po przewiezieniu do Stanisławowa przesłuchiwał ją szef Gestapo w Stanisławowie, hauptsturmführer Hans Krüger, znany z akcji wymordowania polskiej inteligencji w Stanisławowie. W przekonaniu, że aresztowana wkrótce poniesie śmierć, oficer Gestapo pochwalił się przed nią swoją decydującą rolą także w mordzie profesorów lwowskich (3 na 4 lipca 1941). Już po wojnie zeznania Lanckorońskiej oraz przekazany b. rektorowi Uniwersytetu Lwowskiego Stanisławowi Kulczyńskiemu tzw. Raport Karli Lanckorońskiej (opublikowany w 1977) były ważnymi dowodami przy próbach wyjaśnienia zbrodni lwowskiej.