W okresie walki o tron królewski między Zygmuntem III Wazą a Maksymilianem Habsburgiem Bydgoszcz odmówiła zapłacenia podatków, uchwalonych przez szlachtę kujawską na sejmiku radziejowskim. Miasto zostało pozwane przed sąd grodzki przez instygatora, który przedstawił pismo starosty Kościeleckiego, grożącego mieszczanom surowymi karami pieniężnymi za odmowę zapłacenia podatków. Ostatecznie władze miejskie w wyniku zakulisowych rokowań, zgodziły się na zapłacenie poboru.
Jan Kościelecki rozwinął żywą działalność gospodarczą i przyczynił się do wzrostu znaczenia Bydgoszczy i starostwa bydgoskiego w końcu XVI wieku. W czasie jego urzędowania Zygmunt III Waza przeniósł miejsce pobierania cła na Wiśle z Białej Góry nad Nogatem do Fordonu (1594). W tym samym czasie zaczęła funkcjonować mennica bydgoska. Starosta prowadził również działalność osadniczą, obsadzając pustki kolonistami olęderskimi. Pierwsi olędrzy osiedli w 1594 r. Przyłubiu, a do 1600 r. starosta osadził kolejne rodziny holenderskie na nizinie nadwiślańskiej między Solcem Kujawskim a ujściem Brdy (Otorowo, Łęgnowo, Fordonek).