Po zakończeniu prac nad Resident Evil 4 w 2004 roku opuścił Capcom Studio 4 i dołączył do Clover Studio. W tym studio był aż do jego zamknięcia w 2007. Przez ten czas pod jego nadzorem powstał Viewtiful Joe (port dla PlayStation 2) oraz God Hand. Po rozpadzie Clover Mikami razem z innymi twórcami z Capcom (Hideki Kamiya, Atsushi Inaba, Yuta Kimura, Nao Ueda, Mari Shimazaki oraz Masami Ueda) założyli Seeds Inc. Studio zmieniło nazwę i do dziś istnieje jako Platinum Games. W 2009 roku Shinji Mikami pracuje nad dwoma projektami. Jeden w swojej firmie, drugi wraz z Goichim Suda z firmy Grasshopper Manufacture. Gra będzie działać na najnowszym silniku Unreal Engine. Obydwie gry nie posiadają jeszcze tytułów.
Gry Gry, w których tworzeniu uczestniczył.
Jako reżyser: Resident Evil (1996) Dino Crisis (1999) – dodatkowo producent Resident Evil (REmake) (2002) Resident Evil 0 (2002) P.N. 03 (2003) Resident Evil 4 (2005) God Hand (2006) Vanquish (2010)
Jako producent wykonawczy: Dino Crisis 2 (2000) Gyakuten Saiban (2001) Devil May Cry (2001) Killer 7 (2005) – dodatkowo scenarzysta Dino Crisis 3 (2003) Viewtiful Joe (2003) Gyakuten Saiban 2(2002) Gyakuten Saiban 3 (2004)