WRN podtrzymała decyzję likwidacyjną, pisząc, że „nie istnieją inne możliwości rozbudowy zakładów, a zostały one objęte narodowym planem rozwoju gospodarczego (...)”. W kwietniu 1966 r. na terenie cmentarza pojawiła się komisja dokonująca kolejnych pomiarów i spisująca nagrobki. Spotkało się to z ponownym protestem ze strony Kongregacji. Mimo to Wydział Gospodarki Komunalnej Urzędu Miejskiego wywiesił ogłoszenie o likwidacji, wzywając jednocześnie zainteresowanych, aby w terminie dwóch tygodni zgłaszali w dyrekcji Polsportu wnioski o ekshumację. Ostatecznie Kongregacja zgodziła się na likwidację cmentarza, ustalając 31 maja warunki przeprowadzenia ekshumacji oraz rozpoczynając akcję powiadamiania o sytuacji rodzin zmarłych. Ekshumacja rozpoczęła się w czerwcu 1966 r. i zakończyła w maju następnego roku. W tym czasie ekshumowano prochy z zaledwie 170 spośród około 1700 wszystkich grobów. Trafiły one wraz z nagrobkami na cmentarz w Aleksandrowicach – na pustą działkę, stanowiącą dzisiejszy sektor G. Nie wiadomo, co się stało z pozostałymi nagrobkami. Obszar cmentarza po likwidacji podzielono pomiędzy dwie parcele – 4328/50 oraz 4369/35.