6 lutego 1906 odprawił panichidę za zabitego w zamachu Iwana Kalajewa wielkiego księcia Sergiusza Aleksandrowicza Romanowa, w czasie której stwierdził, że współwinne jego śmierci było całe społeczeństwo, które kwestionowało panujący porządek społeczny. Domagał się również usunięcia z Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej części współczesnych pisarzy, którzy jego zdaniem zaangażowali się w krzewienie idei sprzecznych z chrześcijaństwem. Działał w Związku Narodu RosyjskiegoГермоген (Долганов). Działania Hermogena zyskiwały poparcie najbardziej konserwatywnie nastawionej części duchowieństwa prawosławnego – z uznaniem o nim wypowiadał się m.in. Jan Kronsztadzki.
W czasie posiedzenie Świętego Synodu w 1911 podjął polemikę z jego prokuratorem w sprawie obrzędów pogrzebowych, w rezultacie czego został zawieszony i oskarżony o znieważenie Synodu przed majestatem cara. Ze względu na odmowę wyjazdu z Petersburga i powrotu do Saratowa, motywowaną chorobą, prokurator Synodu doprowadził do pozbawienia go godności biskupiej i przeniesienia Hermogena do monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Żyrowiczach. Według niektórych relacji car zgodził się na takie rozwiązanie także ze względu na otwartą wrogość biskupa wobec Rasputina. 25 sierpnia 1915 Hermogen został przeniesiony do monasteru św.