Zdecydowanie postępowanie hierarchy spotkało się z reakcją miejscowej Czeki: 13 kwietnia 1918 została przeprowadzona rewizja w jego mieszkaniu, zapowiedziano również chęć jego zatrzymania i przesłuchania. Mimo tego w kolejną niedzielę biskup poprowadził tradycyjną, zabronioną procesję ulicami Tobolska, po której został aresztowany i oskarżony o zakłócanie porządku oraz wzywanie do pogromu. Został przewieziony do Jekaterynburga i uwięziony. W maju tego samego roku jego brat razem z grupą wiernych wystąpili o uwolnienie duchownego przed radą robotników i żołnierzy w mieście, po czym zapłaciła zażądany okup w wysokości 10 tys. rubli. Mimo tego hierarcha nie został uwolniony.
13 czerwca Hermogen razem z grupą innych więźniów został przewieziony ponownie do Tobolska, a w trzy dni później bez sądu utopiony w rzece Turze. 3 lipca jego ciało zostało odnalezione na jej brzegu przez mieszkańców wsi Usolsk, którzy w tym samym miejscu dokonali prowizorycznego pogrzebu.