od tego czasu jest nieświadomym szpiegiem. Z tego powodu Shadow chciał śmierci Cosmo. Chris, Knuckles i Tails zauważają, że usunięcie urządzenia prawdopodobnie zniszczy jej wzrok i słuch na zawsze. Knuckles i tak dąży do jego usunięcia (w japońskiej wersji podkreśla, że istnieje sposób, aby go usunąć bez uszkodzenia jej), ale Tails nie może obecnie podejmować żadnych decyzji, więc operacja zostaje odwołana, a bitwa przeciwko Metarexom jest kontynuowana.
Bohaterowie wraz z Chaotixem i Shadowem udają się do centrum wszechświata, gdzie Metarexy złowieszczo kontrolują planetę zbudowaną z wody i zawierającą Planetojaja. Po tym, jak Sonic prawie w niej utonął, planeta zaczyna przekształcać się w gigantyczne nasienie; Metarexy ujawniają, że ponieważ przegrali bitwę, zniszczą galaktykę za pomocą tej planety. Metarexy następnie łączą się, tworząc smoczego potwora roślinnego, który przyczepia się do gigantycznego nasienia. Sonic i Shadow wykorzystują szmaragd chaosu, aby stać się Super Soniciem i Super Shadowem, ale nadal nie są w stanie pokonać połączonych Metarexów. Cosmo widzi wizję swojej matki Ziemianę, mówiąc jej, że musi poświęcić się, aby ocalić resztę. Łączy się z olbrzymim ziarnem i instruuje Tailsa, aby użył armaty Niebieskiego Tajfunu, aby wystrzelić Super Sonic i Super Shadow na nią i ziarno.