Po nocy kryształowej publicznie modlił się za Żydów w czasie nieszporów. Protestował także przeciw wprowadzonej eutanazji. W październiku 1941 został aresztowany i 22 maja 1942 skazany na 2 lata więzienia. Uznany za osobę „niezdolną do poprawy” został wysłany do KL Dachau, ale w drodze zasłabł i zmarł w bawarskiej miejscowości Hof. Jego grób znajduje się w krypcie katedry św. Jadwigi Śląskiej w Berlinie.
Pamięć imię Bernarda Lichtenberga nosi katolicka szkoła podstawowa w berlińskiej dzielnicy Spandau. jedna z ulic w berlińskiej dzielnicy Charlottenburg nosi imię Bernarda Lichtenberga. w 2004 został uhonorowany pośmiertnie tytułem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata przez izraelski Instytut Jad Waszem za pomoc i ratowanie prześladowanych Żydów. Kościół św. Bernarda w berlińskiej dzielnicy Reinickendorf poświęcony jego pamięci został konsekrowany 27 marca 1960. Centrum formacji przy parafii pw. śś. ap. Piotra i Pawła w Oławie nosi nazwę „Centrum formacji im. bł. Bernarda Lichtenberga”.
Proces beatyfikacyjny 23 czerwca 1996 na stadionie olimpijskim w Berlinie papież Jan Paweł II dokonał beatyfikacji ks. Bernarda Lichtenberga wraz z ks.